安徽医科大学数据信息中心（档案馆、校史研究所）前身是校办综合档案室，2008年12月设立档案馆，为校直属机构，副处级建制。2019年3月更名数据信息中心（档案馆），升格为正处级机构。2022年4月学校成立校史研究所，挂靠数据信息中心（档案馆）。经安徽省高等学校档案工作协会第三次常务理事会议批准为安徽省高等学校档案工作协会常务理事单位。2010-2014年连续四年荣获全省档案工作先进单位，2013年获机关档案工作目标管理考核“安徽省特级单位”称号。

       数据信息中心（档案馆、校史研究所）现有面积1010平方米，其中库房900平方米；库房、办公室、阅文室实行三分开；配备了计算机、扫描仪、刻录机、防磁柜、碎纸机、空调、复印机、去湿机，照相机、灭火器、吸尘器和温湿度计等办公现代化设备。

       馆藏始于1927年，截止至2023年底，有安徽医科大学全宗一个，馆藏约22万卷（件）。2011年启动档案数字化建设工程，现已实现所有馆藏重要文书档案和学籍档案的计算机全文检索，并建立各专门档案目录数据库。

         馆藏档案中多有珍品。学校建校八十周年校史编撰过程中，档案馆提供了73年前的珍贵史料——我校前身上海东南医学院二二级（民国二十二年毕业，即1933年）毕业纪念刊、东南医学院建院8周年（即1934年）纪念册、东南医学院要览等，内有我国著名的民主主义革命家、教育家蔡元培的亲笔题词“好学力行”、“造就良医”。后被确立为我校校训“好学力行，造就良医”。

       根据安徽医科大学“十四五”规划的发展目标和要求，数据信息中心（档案馆、校史研究所）将进一步健全档案治理体制机制，加大档案资源收集力度、不断提升档案服务能力、继续加强软硬件设施保障、深入推进档案信息化建设、加大档案人才队伍建设，全面推进档案治理体系、档案资源体系、档案利用体系和档案安全体系建设，深化档案信息化转型，强化人才支撑，着力推动我校成为档案治理更加高效、馆藏资源更加丰富、服务利用更加便捷、信息安全更加可靠的现代化高校档案工作基地，开创与国内一流高水平医科大学相适应的档案事业发展新格局。