东南医学院内迁怀远后，在加强学院硬件建设、狠抓教学质量的同时，也非常重视学生的思想政治工作。这一点在档案中就有体现。“本院自从内迁以后，在教学方针上对政治教育是一直作为重点来进行的……”“本院这学期的政治学习，确比一九四九年下学期做到有系统地有步骤地开展……”《东南医学院一九五○年下半年工作总结报告》等档案中如此记载。
1950年3月，东南医学院聘请皖北医校政治协理员周济群来院兼课; 9月，学院聘请瞿介章为专职政治教员，使得学院和政治教育逐步走上正轨；尤其是1950年11月，皖北行署指派陈韧、俞洽成等四人来院指导和加强思想政治工作，有力推动了学院思想政治教育教学工作的开展。
因此，自1951年上半年起，东南医学院各班级均开设了政治课，先后学习了《社会发展史》和《新民主主义论教程纲要》等课程。1951年11月，针对一些学生中存在着的思想观念问题，东南医学院成立了“临时学习委员会”，通过两个月的帮扶、学习，一些学生思想政治问题得以整改。
《东南医学院一九五○年下半年工作总结报告》中关于思想政治教育的记载
1950年9月中共中央作出了抗美援朝保家卫国的战略决策。自此，抗美援朝运动在国内如火如荼地开展起来。
“……结合抗美援朝的形势发展，特别邀请了皖北区党委宣传部副部长干仲儒来院作两次专题报告，同时结合时事讲解，树立同学们仇美鄙美蔑美的态度和认识……”正如《东南医学院一九五○年下半年工作总结报告》中所记载。
东南医学院积极响应国家号召
先后组织开展了
抗美援朝运动、爱国卫生运动
等集中性的思想政治教育活动
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东南医学院除多次邀请皖北区党委宣传部领导来院作政治形势报告外，1950年12月22日，学院学生会、医工会以及团总支联合筹建中的教工会共同发起成立了“抗美援朝保家卫国工作委员会”，学院全体师生决心以实际行动响应祖国号召。
随后，学校一、二年级开展了停课一周和三天的时政学习，三年级添加了急救课，四、五年级在治淮民工中开展治病防病活动；此外有许多师生纷纷要求参军，报效国家。
另据档案记载，1951年3月18日，东南医学院师生800余人参加了怀远县反美大游行，曾参加1947年“日内瓦公约”修改工作的附属医院院长汤蠡舟，更是对美国在朝鲜进行细菌战、违法国际公法的可耻行为进行了严厉斥责。同年5月，东南医学院还开展了“红五月”思想教育活动。学校通过组织师生参加劳动，进行抗美援朝宣传；通过举办文娱演出、组织医疗活动、发动和平签名以及举行团员青年萤火会等活动，推动思想政治教育工作深入开展。1951年6月，中国人民抗美援朝总会发出了开展爱国公约运动，捐献飞机大炮运动，做好优待烈属、军属工作的三大号召后，东南医学院掀起了增产节约捐献活动的热潮，全院师生积极参与其中，有的学生捐出了订婚戒指，有的医师捐出了祖传金表，有的教授捐出了著作版税。另据档案记载，学院抗美援朝工委会当时还倡议华东18所医药院校联合起来捐献“白求恩号”战斗机一架，踊跃支援抗美援朝前线。此项倡议得到了南京大学医学院、山东大学医学院等院校的积极响应。
东南医学院内迁怀远时的校徽（资料图片）
除此之外
东南医学院还根据自身特点
开展了一系列支援抗美援朝的活动
加强爱国卫生运动教育
就是其中之一
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1952年6月，为了增强群众对细菌战的了解、普及卫生知识，东南医学院协助皖北皖南行署卫生处、文教处等机构，联合在合肥举办了安徽省爱国卫生防疫展览会。展览以图片、实物等形式揭露了美国发动细菌战的罪行，并指出细菌战是可以战胜的，展开卫生防疫运动就是扑灭美国细菌战的一项重要举措。展览一经面世，就在群众中引起了强烈的反响，仅6月30日到7月10日就有上万市民前来参观。随后，该展览会陆续在阜阳、六安等地巡展，使人们受到了一次生动的爱国卫生教育。
学校里连接原民康和民望医院的天桥
经过政治理论学习和思想教育活动熏陶，东南医学院的师生思想觉悟逐步提高，积极响应党的号召，服从祖国的需要。当时许多毕业班的同学纷纷要求参加抗美援朝医疗队。
说到参加抗美援朝，不少当年的校友都在回忆文字中提到了“十三太保”的故事。当时同学们都打好行装准备出发参加抗美援朝时，有13名同学却被通知留下来。但这些同学决意要前往抗美援朝战场，于是集体到学校询问情况。原来，当时毛主席发出“一定要把淮河修好”的指示，学校附属医院成立了蚌埠分院，急需要留下学生参加这个工作。知道事情原委的13名同学才不得不留了下来，他们因此被称为“十三太保”。
东南医学院在怀远时的护士们
另据档案记载，为解决边疆地区中级卫生学校老师奇缺的问题，中共中央卫生部在东南医学院举办了中级师资培训班。
经过一系列思想政治学习后，不少原本学医的学生纷纷踊跃报名参加这个中级师资培训班，这意味着要放弃自己当医生的志愿，但他们更愿意为边疆医疗事业服务。经过学习后，他们主动请缨前往支援内蒙古、云南等地的中级卫校建设，将所学知识投身于服务人民和国家建设事业中。
